בית כנסת כמו כל מבנה עלול להינזק במצבים של שריפה, רעידת אדמה, מהומות, נזקי צנרת למניהן ונזקי טבע. בית כנסת שנקלע חלילה לאחד מנזקים אלו יושבת עד לתיקונו.
נזקי מבנה אלו נזקים חמורים אשר תיקונם עולה כסף רב שלא תמיד קיים בבית כנסת אשר מתקיים בחלקו על תרומות. ביטוח לבתי כנסת מכיל בתוכו סעיף ביטוח למבנה ומאפשר לקבל כיסוי כספי מחברת הביטוח אם חלילה בית הכנסת ניזוק עקב המצבים שהזכרנו.